Acesse o menu Vale/Vale, na aba Faturamento do Vale clique no botão “Gerar Nota”.

Abrirá uma nova janela "Vale Fatura"
No campo “Qtd.Faturar” do item informe a quantidade a ser faturada e no campo “Qtd.Faturar” do lote informe a quantidade a ser faturada correspondente ao lote ou lotes desejados.

Após é só clicar em Gerar Nota que será faturado somente as quantidades informadas manualmente.