Para incluir o IPI na Base de Calculo do ICMS nas notas fiscais próprias, acesse o menu: Cadastro / Fiscal / Natureza de Operação Próprio, aba "Fiscal - Produtos", no grupo de "CMS", marque a opção "Incluir IPI na base de cálculo do ICMS".
A configuração terá que ser realizada em todas as Operações onde a regra se aplique.
Caso o seu registro de Pedido, Ordem de Serviço, Vale ou outros, já esteja salvo, o mesmo terá que ser editado e salvo para que os valores sejam recalculados.